A diferencia de los compuestos iónicos, los compuestos moleculares están formados por unidades moleculares discretas. Por lo general estan formados por elementos no metálicos. Muchos compuestos moleculares son compuestos binarios. La nomenclatura de los compuestos moleculares binarios se hace de manera similar a la de los compuestos iónicos binarios. Se nombra primera el segundo elemento de la fórmula, adicionando el sufijo uro a la raíz del nombre del elemento y despues se nombra el primer elemento. Algunos ejemplos:
HCl Cloruro de hidrógeno
HBr Bromuro de hidrógeno
SiC Carburo de silicio
Es muy común que un par de elementos formen diferentes compuestos. En estos casos se evita la confusión al nombrar los compuestos utilizando prefijos griegos que denotan el número de átomos de cada uno de los elementos. Algunos ejemplos:
CO Monóxido de carbono
CO2 Dióxido de carbono
SO2 Dióxido de asufre
SO3 Trióxido de asufre
NO2 Dióxido de nitrógeno
N2O4 Tetróxido de dinitrógeno
La siguiente guía es útil para nombrar compuestos con prefijos:
- El prefijo "mono" puede omitirse para el primer elemento. Por ejemplo, PCl3, se nombra tricloruro de fósforo y no tricloruro de monofósforo. Así, la ausencia de un prefijo para el primero de los elementos generalmente significa que sólo hay un átomo en ese elemento en la molécula.
- Para el caso de los óxidos, en algunas ocasiones se omite la terminación "a" del prefijo. Por ejemplo, N2O4 se denomina tetróxido de dinitrógeno y no tetraóxido de dinitrógeno.
La excepción para el uso de prefijos griegos es el caso de compuestos moleculares que contienen hidrógeno. Tradicionalmente, muchos de esos compuestos se llaman por sus nombres comunes no sistemáticos, o bien mediante nombres que no indican el número de átomos de H presentes:
B5H6 Diborano
CH4 Metano
SiH4 Silano
NH3 Amoniaco
PH3 Fosfina
H2O Agua
H2S Sulfuro de hidrógeno
Se observa que es irregular el orden en que se escriben los elementos en las fórmulas para los compuestos que contienen hidrógeno. En el agua y el sulfuro de hidrógeno, se escribe primero H, mientras que en los otros compuestos aparece al final.
Generalmente es muy sencillo escribir las fórmulas de los compuestos moleculares. Así, el nombre trifloruro de arsénico indica que hay un átomo de As y tres átomos de F en cada molécula y que la fórmula molecular es AsF3. Observe que el orden de aparición de los elementos es inverso al nombre.