Una molécula es un agregado de, por lo menos, dos átomos en una colocación definitiva que se mantiene unidos a través de fuerzas químicas (también llamadas enlaces químicos). Una molécula puede contener átomos del mismo elemento, siempre en una proporción fija, de acuerdo con la ley de proporciones defindidas. Asi, una molécula no siempre es un compuesto, el cual, por definición, está formado por dos o más elementos. El hidrógeno gaseoso, por ejemplo, es un elemento puro, pero consta de moléculas formadas por dos átomos de H cada una. Por otra parte, el agua es un compuesto molecular que contiene hidrógeno y oxígeno en una relación de dos átomos de H y uno de O. Al igual que los átomos, las moléculas son electricamente neutras.
Se dice que la molécula de hidrógeno, representada por H2, es una molécula diatómica porque contiene sólo dos átomos. Otros elementos que existen normalmente como moléculas diatómicas son hidrógeno (N2) y oxígeno (O2), así como los elementos del grupo 7A: flúor (F2), cloro (Cl2), bromo (Br2), y yodo (I2). Por supuesto, una molécula diatómica puede contener átomos de diferentes elementos. Como ejemplo se pueden citar el cloruro de hidrógeno (HCl) y el monóxido de carbono (CO).
La gran mayoría de las moléculas contiene más de dos átomos. Pueden ser átomos de un mismo elemento, como el Ozono (O3), que está formado por tres átomos de oxígeno, o bien pueden ser combinaciones de dos o más elementos diferentes. las moléculas que contienen más de dos átomos reciben el nombre de moléculas poliatómicas. Al igual que el ozono (O3), el Agua (H2O) y el amoniaco (NH3), son moleculas poliatómicas.
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